Высшим органом управления Госкорпорации является Наблюдательный совет.
Коллегиальным исполнительным органом Госкорпорации является Правление.
Единоличным исполнительным органом Госкорпорации является Генеральный директор. Он осуществляет руководство ее текущей деятельностью.
Органом контроля за финансово-хозяйственной деятельностью Росатома является Ревизионная комиссия.